Санкт-Петербургский научный институт физической культуры был создан в январе 1933 года на базе Государственного института физического образования имени П.Ф.Лесгафта.
Изначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.).
28 ноября 2019 года в Санкт-Петербургском государственном институте кино и телевидения прошел «Фестиваль здоровья».
Директор ФГБУ СПбНИИФК Воробьев С.А. принял участие в открытии Фестиваля «Спорт и творчество», который проходил в Санкт-Петербурге 17-21 ноября 2019 года.
31 октября в НГУ им. П.Ф. Лесгафта, Санкт-Петербург состоялась III Всероссийская научно-практическая конференция «Всероссийский физкультурно-спортивный комплекс «Готов к труду и обороне» (ГТО) для инвалидов: теория и практика».
17-18 октября 2019 года на базе Федерального государственного бюджетного учреждения «Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт физической культуры» прошла Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Инновационные технологии в системе спортивной подготовки, массовой физической культуры и спорта».
Ведущий научный сотрудник сектора системных исследований становления спортивного мастерства ФГБУ СПбНИИФК Игорь Владимирович Клешнев награжден золотой медалью Специального Олимпийского Ордена «Честь и благородство», которая была торжественно вручена 10 декабря 2018 года на Специальном Олимпийскому балу.
27-28 сентября 2018 года в Санкт-Петербурге прошла Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные проблемы в области физической культуры и спорта», посвященная 85-летию ФГБУ СПбНИИФК.
7 сентября 2018 г. состоялся проектировочный семинар «Совершенствование содержания паспортов научных специальностей по педагогическим наукам», который прошел в Северо-западном региональном научном центре РАО, созданном на базе РГПУ им. А.И. Герцена, по согласованию с членом Президиума ВАК вице-президентом РАО, академиком В.В. Лаптевым, председателем экспертного совета ВАК МО РФ академиком А.И.Донцовым.
В ФГБУ СПбНИИФК 04.07.2018 г. прошел семинар с международным участием по инновационным методикам оценки подготовленности спортсменов. В семинаре приняли участие представители Индии, Бельгии, Германии, Малайзии, ОАЭ и сотрудники института.
6 октября 2017 года в 10.30 на ледовой арене «Озерки» состоялось торжественное открытие первой детско-юношеской следж-хоккейной команды «Аврора» в Санкт-Петребурге!
На торжественном открытии присутствовали заместитель председателя комитета по физической культуре и спорту Санкт-Петербурга Кузьмицкая Светлана Васильевна, директор детской следж-хоккейной лиги Анастасия Барадачёва, директор, учредитель Регионального благотворительного фонда «Реабилитация ребенка. Центр Романова» Геннадий Николаевич Романов.
В соответствии с Постановлением Президиума ЦИК СССР от 27 июля 1932 года на базе Государственного института физического образования (ГИФО) им. П.Ф. Лесгафта в январе 1933 года был создан Научный институт им. П.Ф. Лесгафта, впоследствии - Ленинградский научно-исследовательский институт физической культуры (ЛНИИФК).
Первоначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.)
