Санкт-Петербургский научный институт физической культуры был создан в январе 1933 года на базе Государственного института физического образования имени П.Ф.Лесгафта.
Изначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.).
Директор ФГБУ СПбНИИФК Воробьев Сергей Алексеевич принял участие в работе II Конгресса «Психическое здоровье человека XXI века», который прошел в Москве 5-7 октября 2018 года.
27-28 сентября 2018 года в Санкт-Петербурге прошла Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные проблемы в области физической культуры и спорта», посвященная 85-летию ФГБУ СПбНИИФК.
20 сентября 2018 г. состоялось заседание Координационной группы Министерства спорта Российской Федерации по экспериментальной и инновационной деятельности в области физической культуры и спорта.
О распространении на работников, замещающих отдельные должности на основании трудового договора в организациях, созданных для выполнения задач, поставленных перед Министерством спорта Российской Федерации, ограничений, запретов и обязанностей
Об утверждении порядка уведомления работодателя о фактах обращения в целях склонения работников, замещающих отдельные должности на основании трудового договора в организациях, созданных для выполнения задач, поставленных перед Министерством спорта Российской Федерации, к совершению коррупционных правонарушени
Об утверждении Положения о комиссии Министерства спорта Российской Федерации по соблюдению требований к служебному поведению федеральных государственных гражданских служащих и работников организаций, созданных для выполнения задач, поставленных перед Министерством спорта Российской Федерации, и урегулированию конфликта интересов
25 апреля в Минспорте состоялось заседание Координационной группы Министерства спорта РФ по экспериментальной и инновационной деятельности в области физической культуры и спорта.
С 22 по 28 апреля в Санкт-Петербурге проходят Европейский футбольный турнир Special Olympics и Всероссийская спартакиада Специальной Олимпиады.
28 ноября 2017 г. на заседании комиссии по приемке результатов научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, выполненных по заказу Министерства спорта Российской Федерации, директор ФГБУ СПбНИИФК Воробьев Сергей Алексеевич представил презентации результатов выполненных работ.
В 2017 году институт по заданию Министерства спорта выполнял государственное задание по 11 темам. Результаты были положительно оценены Министерством спорта Российской Федерации.
В соответствии с Постановлением Президиума ЦИК СССР от 27 июля 1932 года на базе Государственного института физического образования (ГИФО) им. П.Ф. Лесгафта в январе 1933 года был создан Научный институт им. П.Ф. Лесгафта, впоследствии - Ленинградский научно-исследовательский институт физической культуры (ЛНИИФК).
Первоначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.)
