Санкт-Петербургский научный институт физической культуры был создан в январе 1933 года на базе Государственного института физического образования имени П.Ф.Лесгафта.
Изначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.).
С 25 по 27 ноября 2021 года в Санкт-Петербурге проводилось совместное заседание коллегий Министерства спорта Российской Федерации и Министерства спорта и туризма Республики Беларусь.
29-30 сентября 2020 г. в дистанционном формате прошла пятая международная конференция «Здоровье и психология здоровья» / 5th ICH&HPSY International Conference on Health and Health Psychology.
18 мая 2020 года в формате онлайн-конференции состоялось мероприятие международного проекта «Поведение детей школьного возраста в отношении здоровья» (Health Behaviour in School-aged Children (HBSC)), посвященное обсуждению по теме «Результаты исследования HBSC. Российские показатели и их сравнение с другими странами Европейского региона ВОЗ».
Научный сотрудник ФГБУ СПбНИИФК Анна Игоревна Маточкина приняла участие в Семинаре для центров передового опыта и экспертов в Российской Федерации по профилактике и борьбе с неинфекционными заболеваниями (НИЗ), организованном Европейским офисом ВОЗ по профилактике НИЗ и борьбе с ними и Министерством здравоохранения Российской Федерации.
Научный сотрудник ФГБУ СПбНИИФК Анна Игоревна Маточкина приняла участие в ежегодной весенней встрече участников международного проекта «Поведение детей школьного возраста в отношении здоровья» (Health Behaviour in School-aged Children (HBSC)), проходившей с 18 по 20 июня 2019 года в Рейкьявике, Исландия.
28 августа 2018 года в Ташкенте (Республика Узбекистан) было подписано соглашение между ФГБУ СПбНИИФК (Российская Федерация) и Центром научно-методического обеспечения, переподготовки и повышения квалификации специалистов по физической культуре и спорту при Министерстве физической культуры и спорта Республики Узбекистан.
16 июня 2018 года в ФГБУ СПбНИИФК прошла встреча сотрудников института с руководителями организаций, принадлежащих к Корейской ассоциации спортивной индустрии для переговоров о дальнейшем сотрудничестве.
С 12 по 20 февраля сотрудники сектора ФРИОТ в рамках программы «Поведение детей школьного возраста в отношении здоровья» провели обследование физического состояния учащихся 459 школы города Санкт-Петербурга в 5, 7 и 9 классах.
В соответствии с Постановлением Президиума ЦИК СССР от 27 июля 1932 года на базе Государственного института физического образования (ГИФО) им. П.Ф. Лесгафта в январе 1933 года был создан Научный институт им. П.Ф. Лесгафта, впоследствии - Ленинградский научно-исследовательский институт физической культуры (ЛНИИФК).
Первоначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.)
