Санкт-Петербургский научный институт физической культуры был создан в январе 1933 года на базе Государственного института физического образования имени П.Ф.Лесгафта.
Изначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.).
28 августа 2018 года в Ташкенте (Республика Узбекистан) было подписано соглашение между ФГБУ СПбНИИФК (Российская Федерация) и Центром научно-методического обеспечения, переподготовки и повышения квалификации специалистов по физической культуре и спорту при Министерстве физической культуры и спорта Республики Узбекистан.
16 июня 2018 года в ФГБУ СПбНИИФК прошла встреча сотрудников института с руководителями организаций, принадлежащих к Корейской ассоциации спортивной индустрии для переговоров о дальнейшем сотрудничестве.
В стенах ФГБУ СПбНИИФК состоялась рабочая встреча с представителями Узбекистана, ответственных за развитие физической культуры и спорта. В рамках встречи представители ознакомились с лабораторной и научной базой института. После окончания встречи было достигнуто соглашение о плодотворном сотрудничестве.
В Японском г. Фукуока с.н.с. Гребенников А.И. 18 и 19 февраля 2017 г. провел мастер класс "Современные российские методики массажа".
18 мая 2020 года в формате онлайн-конференции состоялось мероприятие международного проекта «Поведение детей школьного возраста в отношении здоровья» (Health Behaviour in School-aged Children (HBSC)), посвященное обсуждению по теме «Результаты исследования HBSC. Российские показатели и их сравнение с другими странами Европейского региона ВОЗ».
Научный сотрудник ФГБУ СПбНИИФК Анна Игоревна Маточкина приняла участие в Семинаре для центров передового опыта и экспертов в Российской Федерации по профилактике и борьбе с неинфекционными заболеваниями (НИЗ), организованном Европейским офисом ВОЗ по профилактике НИЗ и борьбе с ними и Министерством здравоохранения Российской Федерации.
Научный сотрудник ФГБУ СПбНИИФК Анна Игоревна Маточкина приняла участие в ежегодной весенней встрече участников международного проекта «Поведение детей школьного возраста в отношении здоровья» (Health Behaviour in School-aged Children (HBSC)), проходившей с 18 по 20 июня 2019 года в Рейкьявике, Исландия.
С 12 по 20 февраля сотрудники сектора ФРИОТ в рамках программы «Поведение детей школьного возраста в отношении здоровья» провели обследование физического состояния учащихся 459 школы города Санкт-Петербурга в 5, 7 и 9 классах.
В соответствии с Постановлением Президиума ЦИК СССР от 27 июля 1932 года на базе Государственного института физического образования (ГИФО) им. П.Ф. Лесгафта в январе 1933 года был создан Научный институт им. П.Ф. Лесгафта, впоследствии - Ленинградский научно-исследовательский институт физической культуры (ЛНИИФК).
Первоначально Институт располагался на проспекте Динамо дом 2 (с 1933 по 2008 г.)
